المضاعفات المتعلقة ببالون المعدة نادرة جدًا. ومن أهم هذه المضاعفات تضرر جدار البالون في المعدة وتصريف الماء الأزرق بداخله. يمكن أن يمر البالون الفارغ إلى الأمعاء الدقيقة ، مما يتسبب في حدوث انسداد. في مثل هذه الحالة ، يجب إزالة البالون بسرعة دون إزعاج المعدة. إذا تأخر الوقت ، يلزم إجراء عملية جراحية لإزالة البالون في الأمعاء. عندما يتدفق السائل الأزرق الذي يملأ البالون إلى المعدة ويتم امتصاصه من الأمعاء ، فإنه يصبغ البول باللون الأخضر ويحذر المريض من ثقب البالون. طالما كان البالون بالداخل ، يجب على المريض فحص اللون في كل مرة يتبول ، وإذا رأى لونًا أخضر فعليه الاتصال بطبيبه على الفور.

​

تطبيق بالون المعدة ليس بديلاً عن الجراحة للمريض الذي يحتاج لعملية جراحية. يمكن استخدامه في المرضى الذين يعانون من مشاكل في الوزن ولكنهم لا يستوفون معايير الجراحة. في 10٪ من المرضى يجب إزالة البالون الذي تم إدخاله قبل استخدامه بسبب عدم تحمل المريض. مع العلم بهذا الموقف ، يجب اتخاذ قرار تطبيق بالون المعدة.